简介：整理了经常使用的医学数据处理分析所用r代码，待更新
系统设置
version #查看rstudio和r的版本
installr::updateR() #更新r版本
.libPaths() #查看和定义r包安装位置
library() #查看当前r版本所有已安装r包和其存储位置
文件读写
#文件目录
file.path(Sys.getenv("USERPROFILE"), "Desktop") #获取桌面目录
#excel读写常用包：openxlsx
#excel单表导入
adam=read.xlsx("adam.xlsx")
# 导入excel工作簿为列表
sheets <- getSheetNames("14d数据分析提取表.xlsx")
data_frame <- lapply(sheets, read.xlsx, xlsxFile="14d数据分析提取表.xlsx")
names(data_frame) <- sheets # assigning names to data frame
#excel导出
wb=createWorkbook()
addWorksheet(wb, sheetName = i)
writeData(wb, sheet = i, x = combined_data)
saveWorkbook(wb, "result.xlsx", overwrite = TRUE)
#创建文件夹
dir.create(file.path("figures"))
#保存ggplot图片
ggsave("figure1.png",p1,width=8,height=6)数据探索
数据集处理
library(tidyverse)
colnames(adam)
select("var1","var2")
filter(var=="1")
mutate(revar=if_else(var==1,1,0)_
mutate(revar=case_when(var==1~0, var==2~1,TRUE~NA))
pivot_wider(vars,names_from=var1)
pivot_longer(vars,names_to="period",values_to="value")
left_join(adam,by="id")
right_join(adam,by="id")
bind_rows(adam)
bind_cols(adam)
select("var",everything())
arrange(var1,var2)
