R语言小贴士(1)–论文基线表

简介:gtsummary包可实现快速生成论文基线表,并弥补了tableone包不能添加统计量列的痛点

示例语法:

library(gtsummary)
library(tidyverse)
t1 <- adam %>% select(2:78) %>% #选择需要分析的变量
  tbl_summary(by = group, #指定分组变量
              label = list(base4 ~ "Patient Age"),   #定义变量名的显示标签
              missing="no",  #指定是否显示变量的缺失值个数
              type=list(c("base4")~"continuous",c("base2")~"categorical"), #指定变量类型
              statistic = list(all_continuous() ~ "{median} {p25}, {p75})", #连续性变量的统计量设定
              all_categorical() ~ "{n} ({p}%)"),#分类变量的统计量设定
              digits = list(all_continuous() ~ 2, #设定连续性统计量的小数位数
                            all_categorical()~c(0,2))) %>% #设定分类统计量的小数位数
              add_p(test=all_continuous()~"t.test",pvalue_fun = ~ style_pvalue(.x, digits = 3)) %>% 
              add_overall() %>% add_stat_label() %>% #指定添加汇总列,添加统计量显示标签
              modify_header(statistic ~ "**Test Statistic**") %>% #添加检验统计量
              modify_fmt_fun(statistic ~ label_style_sigfig(digits = 4)) #调整统计量的小数位数
              
t1 %>%  as_hux_xlsx(file = 'table1.xlsx')  #结果输出为excel表
#将结果转为word表
library(officer)
library(flextable)
table <- as_hux_table(t1) #将t1转为huxtable表
ft <- flextable(table)  #继续转换为可用格式
doc <- read_docx() 
doc <- doc %>%
body_add_par("标题", style = "Normal") %>% #添加标题和格式
body_add_flextable(ft) %>% #添加表格
body_add_par("注:与常规组治疗后比较,“P<0.05;与tDCS组治疗后比较,P<0.05。", style = "Normal") %>% #添加脚注
body_add_par("", style = "Normal") # Blank line between tables
print(doc, target = "output_tables.docx")  #输出word

语法简介:

“select”选择需要被分析的变量(包括分组变量)

tbl_summary函数语法

“by=”指定分组变量

“statistic=”指定变量的统计值,“all_continuous() ~”指定连续性变量,“all_categorical()”指定分类变量

“digits =”指定显示的统计量的小数位数,如要分别指定可以用向量的形式

“add_p(test=all_continuous()~”t.test”,pvalue_fun = ~ style_pvalue(.x, digits = 3))”添加p值,指定检验方法和p值的小数位数

“add_overall()”指定添加汇总列

“add_stat_label”添加统计量显示标签

“modify_header(statistic ~ “Test Statistic“)”添加检验统计量表头

“as_hux_xlsx(file = ‘table1.xlsx’)” 结果输出为excel表

注意事项:

add_p函数默认添加的检验方法是非参数检验,如需要t检验p值需要使用“test=all_continuous()~”t.test””

有一些离散型变量如年龄或者分类数较多的变量,默认会识别为分类变量,可以用“type=”来指定其为连续性变量

数据结果展示:

评论

  1. 雨天隐形人
    6 月前
    2024-8-03 0:36:48

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